La designación como nuevo gobernador de la pequeña colonia de Magallanes del sargento mayor José de los Santos Mardones reabrió la posibilidad de trasladar la población del Fuerte Bulnes hacia un lugar más propicio.
A diferencia de sus antecesores en el cargo, Santos Mardones era un hombre de acción, un guerrero de mil batallas, que había luchado con denuedo, desde su bautismo de fuego en Buenos Aires, primer antecedente armado en el proceso de independencia latinoamericana, peleando por el bando patriota argentino contra la invasión inglesa de 1806, hasta la derrota sufrida por el llamado bando pipiolo en la mítica batalla de Lircay en 1830 que truncó su carrera militar.
Este chileno de tomo y lomo, tal como luchó contra los británicos, lo haría más tarde, contra los españoles -desde el 25 de mayo de 1810-, engrosando las filas del ejército que lideraba el general Manuel Belgrano. Considerado héroe en las campañas de Salta, Tucumán, Vilcapujio, fue tomado prisionero en el sitio de Ayohuma, en el Alto Perú (Bolivia) en 1813 y desterrado a las cárceles de El Callao, al castillo de San José en Valparaíso y, a la sentina de la fragata “Victoria” en la bahía del mismo puerto.
Santos Mardones, junto con Santiago Bueras y más de medio centenar de prisioneros, al conocer la llegada a Santiago del Ejército Libertador de los Andes y del triunfo en Chacabuco, el 12 de febrero de 1817, se amotinaron tomando de rehenes a los principales oficiales y centinelas de la fragata “Victoria”, escapando a nado hacia tierra y luego, de varias peripecias, consiguieron enrolarse en la división patriota que al mando de Bernardo O´Higgins libró los combates de Cancha Rayada y Maipú. Mardones quien llegó a ser capitán del Batallón de infantería de línea N°2, tuvo una importante participación en la consolidación de la independencia nacional y en los primeros años de la república, pero, su persona y su prestigio cayeron en desgracia por las consecuencias de la guerra civil que asoló a Chile entre 1829-30, que significó para él, la derrota del bando político al que representaba, perdiendo su carrera y todos sus grados militares. Durante la presidencia de Manuel Bulnes fue reincorporado al servicio como sargento mayor. En esta condición, se produjo su destinación a Magallanes. Con clara conciencia de los riesgos que entrañaba esta designación, Santos Mardones sabía que se presentaba una posibilidad única de reivindicarse ante la historia.
Su llegada al austro coincidió con la verdadera desazón que sintió hacia el Fuerte Bulnes. El 12 de abril de 1847, envió una nota al ministro de guerra y marina, José Miguel Borgoño, en que le manifestaba: “desgraciadamente he visto que no hay absolutamente la más pequeña razón que pueda con justicia decir, es que por la tal (la fortaleza) tuvieran por conveniente fijar aquí la Colonia, porque no hallo que pueda en este lugar lisonjear al Colono que se sitúe en este punto con el objeto de residir en él aun cuando sea un hombre desesperado batido por el infortunio”.
No de extrañar entonces, que ante la primera impresión que causó en su ánimo el Fuerte Bulnes, haya tomado la decisión de sacar a la pequeña colonia de aquel lugar. A diferencia de sus predecesores, Mardones recorrió a caballo distintas localidades del territorio llegando a la conclusión, que debía fundar un nuevo poblado en torno al río del Carbón, o en las inmediaciones de Bahía Laredo.
Para llevar a efecto su plan, contó con la ayuda inestimable del capellán de la colonia, Domingo Pasolini, que con el concurso de cuarenta soldados, consiguió abrir el camino y colocar puentes en distintos ríos, lo que permitió establecer un pequeño destacamento a la altura de Agua Fresca.
Otros dos acontecimientos forzaron a Mardones a apurar el traslado de la colonia. El incendio acaecido el 8 de marzo de 1848, que destruyó parcialmente, las instalaciones del fuerte; y el desembarco de doscientas personas entre relegados y sus familias, traídas por el bergantín “Cóndor”, cuyo comandante, el teniente 1° Patricio Lynch Solo de Zaldívar, sintonizó desde el primer instante, con el pensamiento del gobernador.
El traslado no se hizo de un día para otro. Entre el 18 de diciembre de 1848, en que Mardones escribió la última carta a un subalterno estacionado en Fuerte Bulnes, hasta el 21 de marzo de 1849 cuando redactó una misiva al ministro de guerra Pedro Nolasco Vidal, luego de describir las bondades de un posible traslado total de la colonia a Punta Arenas (río del Carbón), emitió la siguiente opinión:
“Por ahora, las necesidades de la Colonia se reducen a lo que contiene la lista N°2; trasladada a Punta Arenas, sería preciso el aumento del ganado mayor y menor, tanto para el desarrollo de la Colonia, como para procurar la economía del Estado”. En el mismo documento, Mardones endosó un minucioso informe anexo que a menudo, es interpretado como censo de población. De un total de 338 personas que vivían en la colonia de Magallanes, 180 correspondía a tropa, 75 hombres, 43 mujeres y 62 niños; y 158 a confinados, 101 hombres, 34 mujeres y 23 niños. Robustiano Vera, en la página 34 de “La colonia de Magallanes y Tierra del Fuego”, (1897) escribió: “En Febrero de 1849 quedó tanto la guarnición como los colonos i confinados, establecidos definitivamente en Punta Arenas. En Fuerte Bulnes solo se dejó un vivac para custodiar algunos cañones dejados en el reducto, junto con las cruces del cementerio. Don Patricio Lynch que comandaba el bergantín Cóndor i que se encontraba estacionado en la colonia, ayudó al Gobernador Mardonez en esta operación”.
En carta del 20 de diciembre de 1849, el gobernador asegura que Punta Arenas es un villorrio de 10 casas de madera y 23 ranchos de paja con 139 habitantes, de los cuales, 55 son confinados. A su vez, Armando Braun Menéndez asegura en su “Fuerte Bulnes” que en aquel enclave permanecían aún 135 personas, 66 de ellos, como “relegados”.