Posiblemente el mes que medió entre el 12 de diciembre de 1999 y el 16 de enero de 2000, fue de verdadero terror en el gobierno de Magallanes.
Por primera vez, muchos funcionarios instalados por la Concertación en las distintas seremis y organismos vinculados con el aparto del Estado, sintieron que sus fuentes laborales corrían peligro. La escuálida victoria alcanzada por el candidato del oficialismo, Ricardo Lagos Escobar frente a la carta de la oposición, Joaquín Lavín Infante, obligaba a un ejercicio político inédito en Chile: elegir al nuevo presidente de la nación, en una segunda vuelta electoral.
Era una corrección que los ideólogos de la Constitución de 1980 implementaron para perfeccionar el sistema democrático y otorgarle mayor legitimidad. La anterior Carta Magna de 1925, establecía que si ningún candidato obtenía la mayoría más uno del total de sufragios, el Congreso Pleno dirimiría entre las dos primeras candidaturas más votadas para elegir al Presidente. Así ocurrió por ejemplo, en las elecciones de 1958 y 1970 en que el Parlamento ratificó los triunfos de Jorge Alessandri y Salvador Allende, respectivamente.
Con el retorno a la democracia, y ya con la Constitución de 1980 se habían celebrado dos elecciones presidenciales: en 1989 y 1993, con las amplias victorias de Patricio Aylwin y Eduardo Frei, que hizo innecesaria una segunda vuelta.
Lagos se impuso finalmente, con el 51.31% contra el 48.69%. En Magallanes, el hombre de la Concertación obtuvo un porcentaje más abultado: 56.04% contra el 43.96% de Lavín.
Se dijo que Lagos hizo importantes ajustes en su comando para mejorar su sintonía con los electores; sin embargo, el apoyo comunista resultó esencial para que Lagos ganara en aquella segunda vuelta.
Una vez en La Moneda, no hubo ninguna retribución política para ese partido, como lo esperaban algunos sectores. Se iniciaba así, en el nuevo milenio, el tercer gobierno de la Concertación, la coalición que reunía a los partidos Democracia Cristiana, Por la Democracia, Radical Social Demócrata y Socialista.
En Magallanes fue nombrada Intendenta la señorita Nelda Panicucci Bianchi, que por esos días se desempeñaba como Alcaldesa de la comuna de Punta Arenas y contaba con un amplio respaldo popular. Era una antigua militante del Partido Socialista relacionada históricamente con el liderazgo de Carlos González Yaksic. Había sido edil de Punta Arenas en dos períodos muy diferentes; 1967-1971 y luego, desde 1996 a marzo de 2000.
Ricardo Lagos comenzó su gobierno soportando los coletazos de la crisis asiática, que no fue obstáculo para imprimirle a su administración un estilo realizador en varios ámbitos. El 14 de mayo de 2001, se promulgó la ley sobre el Seguro Obligatorio de Desempleo; al mismo tiempo, el Poder Judicial experimentaba profundas transformaciones; Magallanes fue una de las regiones donde comenzó a aplicarse de manera experimental la Reforma Procesal Penal.
Lamentablemente, el gobierno regional de Panicucci pareció no estar a la altura de las circunstancias. Los desencuentros en el equipo político se hicieron frecuentes después de las elecciones municipales de octubre de 2000. A ello se sumaron los rumores sobre el estado de salud de la Intendenta, factores que resultaron determinantes para que La Moneda la removiera del cargo en julio de 2001.
En su remplazo, asumió el dirigente del mundo del petróleo y militante socialista Raúl Hein Bozic. Pronto su inexperiencia política y la oposición que halló en su propio partido, como en el demócrata cristiano, pusieron en aprietos constantes a su administración. El momento más álgido lo vivió, a fines de 2002 cuando se desató una agria polémica, consecuencia de la llamada “Sobre programación presupuestaria” por un monto superior a los cinco mil millones de pesos.
Hein era bien percibido por la comunidad, pero el gobierno, el cual se encontraba sometido a fuertes tensiones por acusaciones de corrupción, Caso Mop Gate, y sobresueldos, decidió separarlo del cargo en abril de 2003.
En la Intendencia fue nombrado Jaime Jelincic Aguilar, político que conocía como pocos, las complejas relaciones las subsecretarías regionales. Hábil negociador, recibió desde Santiago instrucciones muy precisas: hacer una buena gestión en la segunda mitad de la administración Lagos y devolverle a la gente la credibilidad en el sector público.
De modo que Jelincic se abocó a “ordenar la casa”, mientras el Gobierno firmaba publicitados Tratados de Comercio Internacionales, con Estados Unidos, la Unión Europea, Corea del Sur y la República Popular China.
En Magallanes, el Intendente Jelincic preparaba el camino para que la comunidad recibiera el Informe sobre Prisión Política y Tortura elaborado por la Comisión Valech. En noviembre de 2003, había pasado con éxito la prueba que llevó a decenas de ex presos políticos, transportados en un buque de la Armada Nacional, a que visitaran después de tres décadas, la Isla Dawson, donde se establecieron los dos centros de reclusión más australes, a la vez que emblemáticos de la Dictadura: Compingim y Río Chico. En estos lugares, fueron recluidos los principales dirigentes de la Unidad Popular.
Se trataba sólo del principio. En diciembre de 2004, Jelincic emplazó públicamente al senador Sergio Fernández, un alto personero de la Dictadura, para que reconociera el nivel de información que manejaba sobre el paradero de personas y de lo que ocurrió en el período en que fue Ministro del Interior del general Pinochet. “Durante el gobierno militar había personas civiles (Fernández) que tenían mucho más acceso a información sobre lo que estaba pasando, y que hoy no pueden aparecer diciendo que desconocían hechos de esta magnitud”, terminó por asegurar Jelincic.