En lo que va transcurrido del nuevo milenio, el Prat se ha transformado en uno de los equipos con más logros en el fútbol de Magallanes, tanto por lo conseguido en la Asociación Punta Arenas, como en las competencias regionales de clubes campeones.
En el plano de su organización, Prat obtuvo, además del ya mencionado título de 1984, los torneos de las temporadas 1989-1990, 1990-1991, 2000-2001, 2001-2002, 2004-2005, 2005-2006, 2008-2009, aunque sus trofeos más significativos fueron conquistados participando y luchando contra los elencos vencedores de las cinco asociaciones que conforman el balompié magallánico.
El año 2002 Prat venció en una dramática final a Cosal por un marcador global de 5 a 3, título que revalidó el año siguiente luego de superar en sendas eliminatorias en partidos de ida y vuelta, a los representativos de Magallanes de Porvenir (4-1), Independencia de la 18 de Septiembre (3-2), Estrella del Sur, de Barrio Sur, (6-2) y en la final a Esmeralda de Puerto Natales (3-1).
En 2006 salió campeón nuevamente ante Cosal, un éxito que se repitió en 2007. En esa edición, Prat venció a Bories y Esmeralda de Puerto Natales por marcadores globales de 5-3 y 5-2, Tierra del Fuego de Porvenir por 8-0, y en la final a Magallanes de Punta Arenas, por 3 goles a 2.
Todavía más espectacular fueron las victorias logradas en los certámenes de 2009 y 2010. En el primero de los torneos nombrados, se impuso a Manuel Cuyul de Puerto Natales, a los cuadros de Fitz Roy y Río de la Mano de Barrio Sur y en la final al Sokol de Punta Arenas por 6-1. Un año después, venció a los representantes de la asociación 18 de Septiembre, Pingüino y Carlos Dittborn y, a Fitz Roy del Barrio Sur, para apabullar en la final al Bories de Puerto Natales por un marcador global de 13-2.
Por último, Prat triunfó en el torneo regional de clubes de 2015 en donde superaron a 18 de Septiembre, Manuel Cuyul y en el cuadrangular final a Bellavista de Barrio Sur y en el match definitorio a Sokol por 4 a 2. Esta época coincide también, cuando el Prat alcanzó notoriedad al clasificarse para disputar sendas ediciones de la Copa Chile en 2009 y 2010, cayendo ante el cuadro de Osorno primero, y luego ante Deportes Puerto Montt.
El Prat viene trabajando desde hace más de dos décadas en la formación integral de sus nuevos futbolistas. Prueba de ello, fue el título nacional logrado por la tercera y cuarta serie infantil, en la copa Cup Osorno en diciembre de 2020.
Otra de las disciplinas en donde el club ha tenido un gran protagonismo, es la rayuela, que simpatizantes del Prat practican, desde los comienzos de la institución. En un sitio ubicado en la sede de la S.S.M.A.S se realizaban competencias entre 10 y 20 metros. Posteriormente, cuando el Prat adquirió su sede social en 1958, se habilitaron dos piezas donde se continuó jugando este deporte.
A principios de 1980, el dirigente Abraham Andrade después de asistir a un campeonato nacional efectuado en Santiago, convenció a los jugadores del Prat de conformar una asociación, cuyo primer directorio quedó compuesto por Alejandro Díaz como presidente, René Ojeda de secretario y Albertino Cárdenas en el cargo de tesorero. Después de muchos años de juntar dinero, la rama compró un bien raíz en calle Orella N°76 donde habilitaron dos canchas con medidas reglamentarias para el ejercicio de este juego, en distancias de 10 a 20 metros.
En el medio local, los “rayueleros” suman alrededor de cuarenta campeonatos entre torneos de apertura, clausura y oficiales. A nivel nacional, el 2011 el Prat obtuvo un tercer lugar en la ciudad de Los Ángeles. En 2018 la pareja Cristian Ulloa y Juan Miranda, logró un subcampeonato nacional en Concepción, en la modalidad de 18 metros.
Las mujeres se incorporaron recién el 2015. En sólo unos cuantos años han conseguido varios triunfos importantes en la categoría de diez metros. El dúo Irma Morales y Aurora Culún, consiguió un segundo lugar en Concepción e integrando el equipo de la zona sur, se titularon campeonas en la ciudad de Caldera en 2020.
El Prat además, tuvo en su momento destacadas participaciones en otros deportes, como el atletismo, en las antiguas competencias que se realizaban entre los barrios, donde medían fuerzas con los integrantes de los elencos de Naval, Olimpia, Sokol y Victoria; también en el tenis de mesa y por supuesto, en el boxeo. Mención aparte, merece la rama femenina del basquetbol, donde las mujeres lograron el 2007 en la ciudad de Molina, un tercer puesto nacional en la categoría seniors.
Desde el 14 de mayo de 1981 el Prat cuenta con su rama de automovilismo. Los fundadores Manuel Aqueveque, Luis Muñoz, Miguel Ruiz, Godofredo Ferman, José Guaquin y Ernesto Gómez, escogieron como primer presidente de la agrupación a Rumildo Cárcamo.
Un acontecimiento histórico para el deporte en Magallanes, fue sin duda, el campeonato nacional de futsal obtenido por el Prat en Talcahuano, en diciembre de 2005. Para poder cumplir con este compromiso, los jugadores viajaron en bus tres días y dos noches. En el gimnasio La Tortuga, debieron enfrentar a los equipos de Los Ángeles, de Ancud y al local Talcahuano, a quienes derrotaron por 20-1, 18-3 y 11-4 respectivamente. En semifinales dieron cuenta del favorito a priori, Concepción, al que vencieron por 11-9. En el cotejo final se midieron nuevamente con Talcahuano al que derrotaron por 9-4 clasificando además, al sudamericano de Jaraguá en Brasil.
En la actualidad, el club Prat con sus 92 años, espera con ansias la conmemoración de su centenario de vida.
